清顺治元年(1644年)，清室定鼎北京。入关伊始，规章待立，必然要借鉴前朝的制度治理国家，御宝制作也是如此。有清一代，御宝的制作在顺治朝盛况空前，许多御宝应是在这时创制的。据清朝档案记载：顺治元年十月十七日，册封诸贝勒、贝子，其诰命上皆钤用“奉诏之宝”；十月二十六日，以故诺木图卫征之子博罗袭本牛录职，颁给敕书，其上亦钤用“奉诏之宝”。这方“奉诏之宝”是顺治初年专门钤盖在皇帝诰命、敕书上的御宝。顺治十年(1653年)闰六月二十三日，准西纳之班珠尔盆错承袭他祖父通慧净觉国师的世职，颁给诰书及印信，诰命上钤用“所降之宝”。其他御宝，缺乏史料记载，但可以肯定的是，前述皇太极天聪年间的五方御宝此时仍在使用。

    康熙二十九年(1690年)《钦定大清会典》修成，其中记载当时共有御宝29方。内宫收贮6方，有“皇帝奉天之宝”、“大清受命之宝”、“皇帝之宝”、“天子之宝”、“制诰之宝”、“敕命之宝”；内库收贮23方，分别为“皇帝之宝”、“皇帝行宝”、“皇帝信宝”、“天子行宝”、“天子信宝”、“制诰之宝”、“敕命之宝”、“广运之宝”、“御前之宝”、“皇帝尊亲之宝”、“皇帝亲亲之宝”、“敬天勤民之宝”、“表章经史之宝”、“钦文之玺”、“丹符出验四方”、“巡狩天下之宝”、“垂训之宝”、“命德之宝”、“奉天法祖亲贤爱民”、“讨罪安民之宝”、“敕正万邦之宝”、“敕正万民之宝”、“制驭六师之宝”等。与皇太极时期相比，其规模已经不可同日而语，看来在顺治、康熙两朝御宝制作量相当大。综观这29方御宝，宝文重复的除外，共有26种。与明朝24方御宝相比，其中“奉天法祖亲贤爱民”、“敕正万邦之宝”、“制驭六师之宝”是清代新增，而“大清受命之宝”只不过是将“大明受命之宝”中的“大明”换成了“大清”，其余22种御宝文字与明朝御宝完全相同，而且标注的各宝使用情况也与明朝御宝基本一致。这说明清早期御宝是参照明代御宝制作的，是明代御宝的延续。

    至雍正五年(1727年)重修《钦定大清会典》时，所记载的御宝数目及内容仍然没有变化。这说明康熙至雍正年间清代御宝制度经历了一个相对稳定时期，也为乾隆皇帝重新厘定御宝奠定了基础。